工務店のメリットとしては、一般的に設計の自由度や契約後の変更、アフターメンテナンスなどがあり、デメリットとしては長期保証や工期の管理、耐震性や耐久性、断熱性、省エネ性、地盤補強などに対する懸念などがあります。工務店は、設計図に基づき現場で全てを施工するので建築基準法に抵触しない限り自由な設計が出来、施主の思い描くデザインや間取りの住宅が建築出来注文住宅本来の醍醐味を味わう事が出来ます。又、直接施工を行っているので、建築中にもある程度のプランや細部の変更に応じてくれる事もあります。工務店は、地域密着型が多いので建築用地の周辺環境を熟知しているのでトラブルが少なく、入居後の隣近所との関係も良好に保つ事が出来ます。しかし、工務店は企業としての規模が小さく大手ハウスメーカーに比べ財務が脆弱なので、長期保証に不安が残ります。又、工務店は自社で住宅性能の開発を行っていないので、既製の建築資材により耐震性や耐久性など住宅性能を確保しているので実際の性能が不明な上に、大手ハウスメーカーの住宅性能より劣る事があります。